Fel nem lelhető tárgyak
A kéziratokat tanulmányozva több olyan tárgyról találunk információkat, amelyek ma már nem lelhetők fel: sosem értek Magyarországra, itt mentek tönkre vagy vesztek el. Reguly számára azonban ezek ugyanúgy a gyűjtemény részét képezték, mint a ma is ismert tárgyak, ezért érdemesnek találtuk ezeket is bemutatni, amennyire a források engedik. Az akadémiai jegyzék tárgyai közül sok megmolyosodott, így elégették őket. A Régiségtárba került érmék, régészeti leletek közül semmi sem maradt meg, a természettudományos tárgyak közül alig valami, a néprajzi tárgyak között is van egy-két hiány.
Ebben a csoportban tartjuk számon azt a négy gipsz arclenyomatot is, amelyek készítéséről sok szó esik a levelekben, ám a tárgyak valahol eltűntek, és még hiányukra sem találunk később utalást; az akadémiai jegyzék ezeket nem tartalmazza.
Az elpusztult tárgyakról képi ábrázolás sem maradt fenn.